Seit dem Tod Annas ist ihr Grab das Ziel vieler Menschen, die sie um Fürbitte in ihren Nöten anrufen und ihr für erwiesene Hilfe danken. Bisher wurden über 20 000 Gebetserhörungen verzeichnet. Auf vielfachen Wunsch des gläubigen Volkes gab Bischof Dr. Rudolf Graber von Regensburg die Genehmigung, am 26. Juli 1972 die Gebeine der Dienerin Gottes vom Friedhof in die Pfarrkirche Mindelstetten zu übertragen und den Seligsprechungsprozess zu eröffnen. Seither kommen am Anna-Tag (26. Juli), der immer als großer Gebets- und Sühnetag gehalten wird, Tausende von Menschen nach Mindelstetten.
Nachdem die zuständigen Kommissionen der Kongregation für Heiligsprechungen eindeutig das heroische Maß der Tugenden festgestellt hatten, verlieh Papst Johannes Paul II. am 11. Juli 1995 Anna Schäffer den heroischen Tugendgrad. Das für die Seligsprechung notwendige Wunder wurde am 3. Juli 1998 vom Heiligen Vater anerkannt. Am 7. März 1999 wurde Anna Schäffer von Papst Johannes Paul II. in die Schar der Seligen aufgenommen. Papst Benedikt XVI. hat am 19. Dezember 2011 die Entscheidung der Ärzte und Theologen der römischen Heiligsprechungskongregation über eine Heilung auf die Fürsprache der seligen Anna Schäffer anerkannt. Zugleich beauftragte er die Kongregation, das Dekret über dieses zweite Wunder zu veröffentlichen. Damit ist der Weg frei für die Heiligsprechung Anna Schäffers. Sie fand am 21. Oktober 2012 in Rom statt.
Das Kanonisationsverfahren
Insgesamt geht es bei der Selig- und der Heiligsprechung um ein Kanonisationsverfahren, das zwei Stufen hat und vom jeweiligen Diözesanbischof in Rom beantragt wird.
Kandidaten, für die ein Seligsprechungsverfahren eröffnet wurde, werden als „Diener Gottes“ bezeichnet. Wem im Prozessverlauf in einem ersten Schritt der „heroische Tugendgrad“ attestiert wird, der ist Ehrwürdiger Diener Gottes (Venerabilis Dei servus).
Das Seligsprechungsverfahren beginnt mit dem Processus super vita, virtutibus et fama sanctitatis (Leben, Tugenden und Ruf der Heiligkeit). Die Eingaben des diözesanen Gerichtshofs bilden die Grundlage der so genannten Positio (wissenschaftliche Darstellung des Lebens), die in Rom erarbeitet wird. Außerdem ist die Anerkennung eines auf Fürsprache des Kandidaten erfolgten Wunders notwendig. Es handelt sich meist um ein Heilungswunder, welches von Medizinern geprüft und für unerklärlich befunden wird. Nach eingehender Prüfung erklärt der Papst, dass ein Verstorbener als Seliger bezeichnet werden und als solcher öffentlich verehrt werden darf. Im Unterschied zur Heiligsprechung wird durch die Seligsprechung jedoch nur eine lokale Verehrung gestattet. Der Seligsprechungsprozess bildet den vorläufigen Abschluss des Kanonisationsverfahrens. Für die Heiligsprechung des Seligen ist der Nachweis eines zweiten Wunders notwendig, das mit einem neuen Prozess festgestellt wird.
Auf römischer Ebene werden alle diözesanen Untersuchungen sowohl über die Feststellung der Tugend als auch der Wunder durch einen Promotor Iustitiae geprüft. Sollten sich Fragen ergeben, müssen diese geklärt werden. Der Papst fällt das letzte Urteil.
Sind alle Bedingungen erfüllt, steht der Heiligsprechung durch den Papst und damit der universellen Verehrung durch die Gesamtkirche nichts mehr im Wege.